Κύρια δραστηριότητα του Κέντρου Εκπαιδευτικής Έρευνας είναι η επιστημονική
έρευνα σε θέματα που αφορούν όλες
τις βαθμίδες της εκπαίδευσης και τις Επιστήμες της Αγωγής και ειδικότερα το σχεδιασμό, την οργάνωση και διοίκηση της εκπαίδευσης, τις μεθόδους διδασκαλίας και αξιολόγησης, τη συνεχιζόμενη εκπαίδευση και κατάρτιση και άλλα συναφή θέματα. Παράλληλα το Κέντρο συμμετέχει και σε διάφορα άλλα προγράμματα. Για τη διάχυση των αποτελεσμάτων που προκύπτουν από τις έρευνες και για τη γενικότερη ενημέρωση της εκπαιδευτικής κοινότητας διοργανώνονται ημερίδες, σεμινάρια και συνέδρια.